Nei sotterranei della basilica, l’ambiente recentemente restaurato una volta sede della Compagnia dell’immacolata, accoglie oggi il primo nucleo del Museo del Tesoro di San Lorenzo in cui si possono ammirare gli splendidi oggetti che durante i secoli hanno costituito gli arredi liturgici e i preziosi reliquiari della basilica.
Questi spazi un tempo erano destinati alle sepolture e alle confraternite cittadine.
Oltre al Museo del Tesoro, nei sotterranei della Basilica è possibile vedere la tomba monumentale di Cosimo il Vecchio e una lapide funeraria in onore di Donatello.
Dal dicembre del 2014 i sotterranei si sono poi arricchiti di una nuova sala dedicata all’esposizione di cinque tavole con disegni di Jacopo da Pontormo.